La sección de FTP reúne las herramientas necesarias para configurar y gestionar las cuentas de FTP y las sesiones FTP. FTP (iniciales de File Transfer Protocol) es un método para transferir archivos entre ordenadores, usualmente a través de Internet. Existe una gran cantidad de información almacenada en servidores FTP de todo el mundo a los cuales sólo se puede acceder mediante este sistema. El usuario utiliza una aplicación ubicada en su ordenador que se denomina "cliente", con la cual se conecta a una máquina remota denominada "servidor".
Hay disponibles diversos paquetes de software FTP. Algunos ya van incorporados en los navegadores, y otros son aplicaciones específicas (como CuteFTP y WS_FTP para Windows, y Fetch e Interarchy para Mac). Los principales programas de diseño web, como Dreamweaver o Adobe GoLive, permiten igualmente la conexión FTP con el servidor para subir los archivos creados, aunque no ofrecen tantas prestaciones como los anteriores (por ejemplo, subir y descargar archivos en modo texto o binario, otorgar permisos a los archivos y carpetas, etc.). Un tercer grupo, finalmente, están incorporados en aplicaciones web, como es el caso del Gestor de archivos en CPanel. En términos generales, si va a tener que trabajar con frecuencia con FTP, subir o descargar muchos archivos y configurar scripts necesitará un cliente FTP específico.
CPanel permite crear cuentas de FTP con el fin de que determinados usuarios externos puedan acceder a algunas partes de su espacio. Puede igualmente configurar una cuenta anónima de FTP, con la que dará acceso a un sector del sistema a cualquier usuario. El Gestor de FTP le permite asimismo administrar las sesiones FTP realizadas por los usuarios, y suspenderlas en el caso de que se prolonguen demasiado.
Atención: Al dar acceso a un usuario externo a su espacio web, aunque sea a un sector restringido, estará permitiendo que este usuario lo modifique. Mediante FTP, los usuarios pueden subir, descargar y eliminar archivos. Tenga esto bien presente a la hora de configurar una cuenta de FTP.